Logiciel de facturation et TVA suisse : exigences et critères

Ce que la TVA suisse change dans le choix d’un logiciel

L’assujettissement obligatoire commence dès 100’000 CHF de chiffre d’affaires mondial déterminant. Dès ce seuil, l’entreprise s’inscrit au registre de l’AFC, y décompte la TVA et s’en radie si les conditions ne sont plus remplies. La détermination de l’assujettissement, l’inscription et la radiation relèvent de l’Info TVA 02 de l’AFC, référence des règles que l’outil doit reproduire. Un logiciel qui ne suit pas le chiffre d’affaires facturé en cours d’année ne permet pas de surveiller ce seuil.

Trois taux existent en Suisse : 8,1 % (normal), 2,6 % (réduit) et 3,8 % (spécial, notamment l’hébergement, petit-déjeuner directement lié à la nuitée compris). Introduits le 1er janvier 2024, ils s’appliquent encore en 2026. Le taux dépend de la nature exacte de ce qui est vendu, et non du seul secteur : une même facture peut donc contenir des positions à des taux différents. Le logiciel doit gérer un taux par ligne, le mémoriser par article ou par prestation et ventiler le total par taux.

Selon la méthode effective, l’entreprise facture la TVA sur ses ventes, déduit l’impôt préalable sur ses achats professionnels lorsque les conditions sont remplies, puis verse la différence à l’AFC. Exemple : 10’000 CHF hors taxe de prestations au taux normal génèrent 810 CHF de TVA collectée ; 324 CHF de TVA sont récupérables sur les dépenses de la période ; il reste 486 CHF à verser. Le logiciel doit fournir ces trois montants par période de décompte, pas seulement un total de factures.

La déduction n’est jamais automatique : elle exige une dépense liée à une activité ouvrant droit à la déduction et un justificatif correct. Certaines prestations de santé, d’enseignement, d’assurance ou de banque sont exclues du champ de la TVA ; la TVA supportée en amont n’est en principe pas déductible.

Une exportation correctement documentée se facture sans TVA suisse, tout en conservant en principe le droit à la déduction. Depuis 2025, certaines entreprises peuvent demander un décompte annuel, sans suppression des acomptes durant l’année : la périodicité doit donc être paramétrable dans l’outil.

Les mentions de facture que le logiciel doit contrôler

Le Portail PME du SECO liste les éléments attendus. Nom et adresse du fournisseur, avec son numéro de TVA : depuis le 1er janvier 2014, le numéro d’identification des entreprises (IDE) complété par la TVA. Nom et adresse du destinataire (mention requise sur les tickets de caisse dépassant CHF 400) et date de livraison ou de fourniture de la prestation si elle diffère de la date de facture. Description précise du bien ou du service, prix (contre-prestation), taux de TVA appliqué et montant de TVA s’il n’est pas inclus dans le prix, signature.

L’article 26 LTVA permet de séparer l’exigé de l’utile. Le numéro de facture et l’échéance facilitent le classement et l’identification des paiements, mais ne font pas partie des mentions expressément énumérées dans cet article. Lorsque la taxe est comprise dans le prix, l’indication du taux suffit selon la LTVA. Un bon logiciel bloque donc l’émission tant que les mentions légales manquent et traite les champs de gestion — numéro unique, échéance, IBAN ou section QR — comme des données distinctes.

En Suisse, la facture n’est obligatoire qu’à la demande du destinataire, contrairement à l’Union européenne, où elle est généralement exigée, avec un numéro séquentiel unique et l’identification complète des parties. Elle reste toutefois le moyen le plus simple de prouver la déduction de l’impôt préalable, et la conformité formelle est déterminante : une facture non conforme peut faire refuser cette déduction. Les notes de crédit et les factures de faible montant, jusqu’à CHF 400, suivent des règles allégées. D’où l’intérêt d’un outil qui émet un avoir rattaché à la facture d’origine plutôt que d’écraser une facture déjà envoyée.

Facture électronique : authenticité, intégrité et force probante

En Suisse, les factures électroniques, PDF compris, ont la même valeur probante que les factures papier. La signature électronique est facultative, mais elle protège au mieux contre des modifications non identifiables : sans elle, la preuve de l’authenticité et de l’intégrité de la facture n’est pas apportée et celle-ci ne constitue pas une preuve incontestable.

L’absence de signature n’est pas rédhibitoire pour autant. Le principe de la libre appréciation des preuves permet de produire d’autres justificatifs — bons de commande ou de livraison, écritures comptables, preuves de paiement — dont la force probante s’apprécie au cas par cas. La tenue des livres selon l’art. 957a CO et l’Ordonnance concernant la tenue et la conservation des livres de comptes permet en règle générale de démontrer les faits pertinents pour la TVA. Une entreprise dotée d’un système de contrôle interne (SCI) peut aussi s’en servir comme moyen de preuve ; l’AFC classe la liberté des moyens de preuve parmi les questions procédurales TVA.

Conséquence pour le choix de l’outil : la valeur ne tient pas au modèle de facture, mais à la chaîne de preuve. L’outil doit rattacher chaque facture à sa commande, à sa livraison et à son encaissement, conserver la version effectivement envoyée lorsqu’une correction intervient, et tracer qui a modifié quoi et à quel moment. L’archivage suit les règles de conservation. Un outil qui reconstitue une facture à l’identique à partir d’un modèle, sans journal ni historique, affaiblit la position en cas de contrôle.

QR-facture, eBill et encaissement : les fonctions attendues

Les canaux d’encaissement ouverts aux entreprises suisses incluent la QR-facture, la facturation digitale eBill, le recouvrement direct LSV+, le terminal de paiement, la solution de paiement en ligne et TWINT entreprise. Un logiciel de facturation se juge donc autant sur ce qu’il génère que sur ce qu’il permet de suivre. Un outil gratuit comme celui d’Entreprendre.ch crée devis, factures et QR-factures : c’est un premier point de comparaison, à condition de vérifier ce qui manque en aval.

À contrôler dans un outil : la production de la section QR avec un IBAN exact et des coordonnées de paiement conformes à ce qui a été convenu avec le client. Puis l’envoi eBill par le canal bancaire et la gestion du mandat pour le recouvrement direct LSV+. Enfin un statut par facture — émise, envoyée, payée, partiellement payée, en retard — alimenté par les paiements réellement reçus.

Le rapprochement entre montant facturé et montant encaissé fait la différence au quotidien. Sans import ou pointage des paiements, chaque statut dépend d’une mise à jour manuelle et le travail de relance repose entièrement sur le contrôle humain. Pour un indépendant ou une PME, la capacité de l’outil à réduire ce suivi manuel pèse plus lourd que le nombre de modèles de factures proposés.

Taux, impôt préalable et décompte auprès de l’AFC

Le logiciel est le premier maillon du décompte. Le taux se choisit pour chaque position, la TVA collectée se cumule par taux, l’impôt préalable se saisit sur les factures d’achat et le solde se calcule par période. Le décompte se fait ensuite en ligne auprès de l’AFC, qui traite le décompte, le décompte rectificatif, la concordance annuelle et les cours des monnaies étrangères.

L’AFC a transféré ses principaux services numériques vers son nouveau portail. En raison du renforcement des exigences de sécurité, « Décompte TVA easy » n’est plus disponible et ses utilisateurs doivent passer à « Décompte TVA pro » ; ce service envoie automatiquement un courriel ou un SMS dès que le décompte est disponible. Pour la connexion, l’AFC recommande l’identifiant AGOV, qui remplacera progressivement CH-Login d’ici au 31 octobre 2026 au plus tard. Le code d’activation, envoyé par courrier au siège de l’entreprise, est valable 90 jours ; un code d’invitation géré par l’administrateur, 90 jours au maximum.

Pour les monnaies étrangères, l’AFC publie des cours selon le cours du jour ou le cours mensuel moyen. L’outil doit donc permettre de choisir la méthode de conversion et de tracer le cours appliqué ; faute de quoi, la concordance annuelle devient difficile à justifier.

Critères pour vérifier les exports et les journaux TVA : le total de TVA collectée du journal doit correspondre au cumul des lignes de factures de la période, et le total de l’impôt préalable aux factures d’achat saisies. Les avoirs doivent réduire la base imposable et non disparaître dans un compte isolé. Chaque période doit pouvoir être rejouée et rapprochée du décompte transmis à l’AFC.

Le paiement — échéances, demandes de prolongation de délai, intérêt moratoire et rémunératoire, mesures de recouvrement — se gère du côté de l’AFC. Le logiciel doit au minimum restituer le montant dû et la date de référence.

Grille de critères pour comparer les logiciels de facturation suisses

Conformité TVA : contrôle des mentions du Portail PME du SECO, numéro IDE du fournisseur repris sur chaque document, gestion de plusieurs taux sur une même facture, traitement des avoirs et des factures de faible montant. Identité de l’entreprise : un seul endroit pour l’IDE, l’adresse, le compte de paiement et les conditions, réutilisé partout.

Facturation et encaissement : devis et factures, QR-facture, eBill, LSV+, suivi des statuts et des rappels. Preuve et archivage : conservation de la version envoyée, journal des modifications, rattachement des justificatifs — commande, livraison, paiement — dans l’esprit de l’art. 957a CO et de l’Ordonnance concernant la tenue et la conservation des livres de comptes.

Comptabilité et TVA : export des écritures vers la fiduciaire, journaux TVA par taux et par période, gestion de plusieurs périodes de décompte, conversion des monnaies étrangères avec traçabilité du cours. Adéquation à l’indépendant et à la PME : nombre d’utilisateurs, facturation récurrente, accès depuis plusieurs appareils, coût récurrent et conditions de résiliation.

Vérification finale : confronter la documentation du fournisseur aux sources officielles. L’AFC (estv.admin.ch) pour l’assujettissement, les taux, le décompte en ligne et les cours de change ; le Portail PME du SECO (kmu.admin.ch) pour les mentions de facture et la signature électronique ; les pages d’encaissement des banques pour la QR-facture, eBill et le recouvrement direct. Un outil dont les factures ne reprennent pas les mentions de l’art. 26 LTVA ne couvre pas le minimum suisse.